Kenji Fujikidio, o Ninja Slayer, finalmente destruiu a Soukaiya e acreditava ter conseguido vingar sua família, mas Neo Saitama cai em chamas devido ao ataque do Zaibatsu, um novo grupo ninja, que estava envolvido no assassinato de sua esposa e filho . Com o objetivo de concluir sua vingança, ele parte de Shinkansen em direção à República de Kyoto, enfrentando ninjas da organização durante todo o trajeto em direção ao inferno.