Dois anos se passaram desde a batalha de Red contra a Equipe Rocket na Sylph Co. Chega a ele um desafio assinado por Bruno, membro da Elite dos Quatro. Red aceita e parte, valente e ansioso por aventuras, como sempre. Depois disso, ele desaparece... E quem volta é seu Pikachu, todo ferido. Ele é encontrado por Yellow, que resolve sair em uma jornada para achar Red, tornando-se, assim, alvo dos ardis da Elite dos Quatro!!